На сегодняшний день музею присвоен статус музейного объединения. С начала 21 века были открыты два отдела музеефикации. Открытие «Усадьбы-музея В.Э. Борисова-Мусатова» состоялось в апреле 2000 года. Мемориальный музей находится в доме, где ранее проживал художник. Сама усадьба-музей В. Э. Борисова-Мусатова, состоящая из флигеля и двухэтажного дома, представляет собой историческую ценность – в 20-х годах это строение было добавлено в список культурно-исторических памятников в Саратовской губернии.

 «Дом Павла Кузнецова» открыли в 2001 году, в январе месяце. Идея о создании музея в саратовском доме мастера возникла вскоре после его смерти, однако, лишь спустя 20 лет её удалось воплотить в жизнь.

Конец 2002 года ознаменовался значимым для Радищевского музея, событием. Следуя приказу Министерства культуры в Российской Федерации, к музею-усадьбе были присоединены два филиала. Оба они территориально находятся в Саратовской области: Музей художеств им. К.С. Петрова-Водкина, расположенный в городе Хвалынск, и Картинная галерея города Энгельса. Помимо этого, с 1977 года, филиалом музея является художественная галерея города Балаково.

<